Newton produziu poucos trabalhos inéditos depois disso. Trabalhou na reedição de algumas obras, mas seu grande interesse e maior empenho foi dedicado à teologia, especialmente às profecias bíblicas. Para ele, a realização da profecia era a prova histórica da existência de Deus. Embora alguns considerem que seus inúmeros manuscritos das últimas duas décadas de vida sejam especulações da velhice, poderíamos encará-los como a síntese de seus estudos teológicos. Se ele passou a maior parte de sua vida numa busca obsessiva da verdade, os trabalhos dessa época trariam as conclusões de suas investigações. A obra sobre as profecias de Daniel e o Apocalipse de São João, publicada após sua morte, em 1733, revelaria ao mundo sua versão para o significado verdadeiro das profecias. Sua postura anti-trinitarista, sua revolta com as distorções e corrupções na verdadeira religião, não precisavam mais permanecer ocultas. Newton morreu em 27 de março de 1727.