No início de 1696, sua antiga amizade com Charles Montague, ou Lord Halifax, revelou-se bastante útil. Halifax era agora encarregado pelas finanças do reino e nomeou-o como superintendente da Casa da Moeda, em março de 1696. Diziam as más línguas que Halifax estava de olho em Catherine, a linda sobrinha de Newton, que vivia com ele em Londres. Porém, não podemos subestimar a capacidade de Newton. Sua mente aguçada, a obstinação pelo trabalho e as antigas experiências alquímicas com o refino de ouro e prata foram úteis nesse período em que ocorria a cunhagem das moedas. A instituição estava enfrentando vários problemas, entre eles a existência de muitos falsários. Sua astúcia foi importante nesse período. Quase quatro anos depois, em 25 de dezembro de 1699, Newton é nomeado diretor da Casa da Moeda e renuncia à cátedra lucasiana e ao cargo de professor do Trinity College.

        Com a morte de Robert Hooke, em março de 1703, Newton começa a articular sua eleição para a presidência da Royal Society e, nas eleições que ocorreram em 30 de novembro, conseguiu seu intento. Ele acumulava a função de diretor da casa da moeda e presidente da Royal Society, quando, em 16 de abril de 1705, foi sagrado cavaleiro pela rainha Ana. Sir Isaac Newton mostrou, na presidência da Royal Society, a mesma liderança forte e competência administrativa com que conduzia a Casa da Moeda. Embora não possamos afirmar que sua conduta tenha sido das mais justas. Parece que em algumas ocasiões ele teria se valido de sua posição para defender interesses próprios, mesmo que isso prejudicasse outras pessoas. Ele era um homem poderoso agora, e seu comportamento não era diferente daquele da maioria dos mortais que se tornam poderosos.
 

Parece que a morte de Hooke não apenas abriu caminho para a presidência da Royal Society, como também para que Newton publicasse Opticks, em 1704. A controvérsia com Hooke, na época em que apresentou sua teoria das cores, fez Newton manter seus experimentos e descobertas ópticas escondidos por quase 30 anos. Esse texto teve um grande impacto na época, pois estava escrito em uma linguagem mais acessível que os Principia, alcançando um público ainda maior. Além disso, trazia a descrição minuciosa de experimentos acompanhados por cálculos matemáticos. Tal metodologia tornar-se-ia modelo de como fazer ciência, algo que todos procurariam imitar.

Na mesma obra, Newton publica dois trabalhos matemáticos. Um deles era seu método das fluxões de 30 anos atrás, o que fatalmente provocaria a disputa pública com Liebniz. Nos bastidores, tal disputa vinha ocorrendo há 20 anos. Tudo começou em 1684, quando Liebniz publicou seu cálculo e não mencionou os trabalhos de Newton. Embora o método de ambos tivesse notações diferentes, eles resolviam os mesmos problemas. Para Newton, Liebiniz tinha conhecimento de seu método, e deveria tê-lo citado em seu trabalho. Na primavera de 1711, Liebniz envia uma carta a Royal Society reivindicando a prioridade na invenção do cálculo. Havia alguns matemáticos que acreditavam que Liebniz tinha inventado o cálculo, e outros que achavam o contrário: Liebniz teria sabido do método de Newton ainda na década de 1670, quando conversaram ou quando Collins mostrou o manuscrito de Newton a alguns matemáticos. Além disso, havia cartas trocadas com várias pessoas durante aquela década, nas quais Newton falava do seu método das fluxões.

        Atualmente, através da análise de documentos que ambos deixaram, considera-se que Newton inventou o método das fluxões em 1665 e 1666. Liebniz desenvolveu independentemente o cálculo diferencial e integral cerca de 10 anos depois, porém antes de saber do método das fluxões. No entanto, a disputa pública requeria um parecer da Royal Society e é difícil não admitir que ele tenha se valido da condição de presidente para obter a prioridade para si.