A grande questão com que se defrontavam alguns filósofos, no início da década de 1680, traria Newton de volta à filosofia mecânica. Motivado por uma visita de Edmond Halley, em agosto de 1684, com a finalidade de perguntar-lhe sobre a lei da atração que varia com o inverso do quadrado da distância, ele retoma seus manuscritos. A resposta enviada a Halley, alguns meses depois, trazia uma revolução na mecânica celeste. Durante dois anos e meio, Newton trabalhou obstinadamente nesse artigo, a pedido de Halley, e ia ampliando suas conseqüências. Ele estava generalizando a aplicação de sua dinâmica a uma demonstração sistemática da gravitação universal, que propunha um novo ideal de ciência. Estava nascendo o Principia (Princípios Matemáticos da Filosofia Natural), a obra que seria um marco na história da ciência.

        A visita de Halley motivou as investigações e ele era o editor encarregado pela Royal Society para publicar a obra. Ele leu e fez correções em alguns cálculos. Halley administrava também o temperamento instável de Newton, o que não era tarefa fácil, e graças a seu empenho, os Principia foram publicados em 5 de julho de 1687. Um livro dificílimo, que poucos tinham condições de entender. Newton torna-se admirado rapidamente pelos matemáticos e filósofos mais importantes da Inglaterra. No continente europeu, seus méritos vão sendo propagados mais vagarosamente.

        Newton era agora uma figura de prestígio e, em 15 de janeiro de 1689, foi eleito pela Universidade de Cambridge como seu representante no Parlamento Constituinte. No mesmo ano, teve seu retrato pintado pelo principal artista da época, Sir Godfrey Kneller. Newton estava, então, com 46 anos. Nesse ano que morou em Londres não foi o parlamento, mas sua vida pessoal a deixar marcas. Newton fez alguns amigos. Ele, que crescera solitário e havia convivido com poucas pessoas em Cambridge (Barrow, Wickins seu colega de quarto por 20 anos e Humphrey Newton, que contratou como secretário para ocupar o lugar de Wickins), agora se relacionava socialmente com algumas pessoas. Charles Montague, John Locke, Nicolas Fatio de Duillier, David Gregory, William Whiston e Samuel Pepys figuravam entre o seu grupo de amigos.

        A universidade de Cambridge e o Trinity College atravessavam uma crise financeira, e nos anos de 1688, 1689 e 1690 não pagaram os salários. Newton começou a buscar um cargo em Londres. Apesar das dificuldades, ele não abandonou seus estudos e, em 1693, escreveu o seu tratado mais importante de Alquimia: Praxis. Não foi um período fácil. Continuava em vão buscando um cargo, e algumas outras contrariedades pessoais foram deixando-o emocionalmente instável. Ele tinha dificuldades para dormir, indispôs-se com os amigos, e no final do verão de 1693 sofreu um colapso nervoso.

        Depois de recuperado, ele retoma a teoria lunar, um dos problemas mais difíceis abordado no Principia. Newton não resolve o problema a contento e já não tinha a mesma paixão pela filosofia natural. A partir daí até o final de sua vida, ele dedicou-se mais intensamente à teologia e a inventar alguns instrumentos, enquanto desempenhava funções administrativas. No entanto, ele era  um homem admirado e famoso, e nunca deixou de ser consultado por matemáticos e filósofos naturais voltando, vez por outra, aos temas que o tornaram respeitado.