No currículo escolar, Newton estudava muito latim, um pouco de grego, e a Bíblia. Era um aluno mediano, até que um episódio a caminho da escola mudou essa situação. Ele levou um chute de um colega no estômago, e desafiou-o para uma briga depois da aula. Embora Newton fosse menor e mais franzino, tinha tamanha garra e determinação que surrou o adversário até que ele pedisse para parar. Newton ainda o humilhou, esfregando seu rosto na parede. Newton, então mais  autoconfiante, toma uma decisão que mudaria sua vida: seria o melhor aluno da classe, seria melhor que todos em tudo o que se propusesse a fazer.

        À medida que progredia nos estudos, foi aperfeiçoando também seus dotes para desenhar e construir objetos de madeira. Encheu a casa do Sr Clark de relógios de sol, e as paredes de seu quarto no sótão com desenhos de carvão. Construiu moinhos de vento, mobílias para as bonecas da Srta Storer e um pequeno veículo com quatro rodas, acionadas por uma manivela. Fazia também pipas para seus colegas, talvez numa tentativa vã de melhorar seu relacionamento com eles. Newton não era nada popular, e, à medida que se destacava, mais distante ficava dos colegas. Há vários relatos sobre a dificuldade que sua personalidade difícil, seu raciocínio rápido e inteligência acima da média criavam para ele, isolando-o ainda mais.

        No fim de 1659, Newton ia completar 17 anos e sua mãe o chamou para trabalhar na fazenda e aprender a administrar os negócios da família. Ele não mostrou o menor interesse, e a tentativa foi um fracasso. Várias vezes, as ovelhas de que tomava conta invadiam o milharal dos vizinhos, e ele foi multado em algumas ocasiões. Até mesmo quando ia comprar mantimentos e vender o produto da fazenda na cidade, Newton se isolava em um canto para construir protótipos de madeira, ou ia à casa do Sr. Clark para ler livros, e um empregado de confiança, designado pela mãe para ensinar-lhe o ofício, era quem fazia todas as transações. O irmão de sua mãe, o reverendo William Ayscough, de Cambridge, e o diretor Stokes, da escola de Granthan, viviam insistindo que Newton deveria voltar para os estudos e preparar-se para a universidade. Diante da falta de interesse e talento para os afazeres rurais, e as insistências de ambos, no final de 1660, Newton retorna para a escola em Granthan.