Sendo inspirado pela maçã ou não, o fato é que todas essas descobertas permaneceram guardadas por anos. No final de 1666, elas ainda não estavam na forma como seriam apresentadas ao mundo futuramente, e que o transformaria no mais prestigiado matemático de seu tempo. Mais tarde, a realização no campo da mecânica tomaria a conhecida forma que seria publicada na primeira edição dos Principia, em julho de 1687.

        Em Abril de 1667, Newton volta para Cambridge, e em outubro do mesmo ano participa do concurso para Fellow (professor). Mais uma vez suas chances eram mínimas. Apesar de suas conquistas ainda desconhecidas, Newton havia negligenciado o currículo oficial. Mais uma vez ele foi aprovado. Teria alguma relação com o fato de Babington ser um dos membros do conselho? Não se sabe. O fato é que em 2 de outubro de 1667, Newton torna-se professor do Trinity College (Colégio da Santíssima e Indivisa Trindade), e nove meses depois, mestre em humanidades.

        A alquimia começa a ser objeto de estudo de Newton em 1669, e em agosto ele compra uma coletânea de tratados de alquimia, bem como um equipamento de laboratório de química. Esse interesse não foi exclusivo, pois nesse mesmo ano ele envia a John Collins, a pedido de Isaac Barrow, o artigo “Sobre a análise das séries infinitas”. Collins, empolgado pela qualidade do trabalho, insiste em publicá-lo, mas Newton reluta. Esse episódio foi o primeiro de muitos em que Newton hesitou pela publicação de um artigo, seja pelo receio das críticas, ou apreensão sobre os desdobramentos de tornar públicas importantes descobertas. Esse contato mais próximo com Barrow, no entanto, rendeu frutos a Newton. Barrow pretendia renunciar à cátedra lucasiana, talvez de olho em cargos mais elevados, e indicou Newton para substituí-lo. Deste modo, em 29 de outubro de 1669, ele torna-se professor lucasiano de matemática. Newton escolheu como conteúdo das aulas seus estudos em óptica. Conta-se que as aulas eram tão monótonas que muitas vezes ninguém aparecia e ele falava para as paredes.
 

Conforme os trabalhos de Newton circulavam entre alguns matemáticos pelas mãos de Collins, ele ia tornando-se mais admirado. Seu temperamento difícil e sua atitude arredia, no entanto, aumentavam e ele ansiava pelo anonimato, recusando-se a publicar seus artigos. Essa situação mudou quando seu telescópio de reflexão fez tamanho sucesso na Royal Society, promovendo sua eleição em 11 de janeiro de1672, que motivou Newton a enviar-lhes sua teoria das cores. O trabalho recebeu pesadas críticas de Robert Hooke e outros filósofos naturais. Ele respondeu às críticas e a desgastante controvérsia se estendeu de 1672 até 1676. Depois disso, Newton se retrai ainda mais, e só volta a publicar seus trabalhos de óptica no Opticks em 1704, depois da morte de Hooke. Durante essa década, ele trocou correspondência também com outras pessoas, sobre questões matemáticas e filosóficas. O desgaste provocado pelas polêmicas e controvérsias fez com que ele se isolasse ainda mais. Além disso, ele dizia com freqüência que estava bastante envolvido com outros estudos.

        Que estudos seriam esses? Durante a década de 1670 e até 1684 Newton mergulha em seus estudos de alquimia. Para ele, a natureza era um livro de revelação divina e com as experiências alquímicas ele poderia penetrar na essência da matéria, buscar a ação de Deus e entender como Ele havia projetado a natureza. Paralelamente, ele começa a estudar intensivamente teologia e as profecias bíblicas. Newton torna-se ariano, ou seja, seguidor de uma doutrina que não acredita na santíssima trindade. Para ele, Cristo era um profeta superior a todos os outros, enviado à Terra por Deus, para resgatar a verdadeira religião, que havia sido corrompida por homens de má fé. Tanto a alquimia como a teologia eram  caminhos pertencentes à filosofia natural, que conduziriam à Verdadeira Religião e à contemplação da ação divina nos fenômenos naturais.