Naquela época, a filosofia mecânica não se restringia aos aspectos que hoje conhecemos como a parte mecânica da física, mas incluía muitos assuntos de natureza filosófica, teológica e mesmo alguns temas hoje considerados como misticismo. Já havia em suas anotações a preocupação com a ação de Deus na natureza. Outra preocupação, presente também no pensamento de alguns filósofos de Cambridge, era de que a nova filosofia, que explicava a natureza baseada em ações mecânicas entre corpúsculos, pudesse vir a colocar em perigo a crença na existência e ação de Deus no mundo, estimulando o ateísmo. Tudo isso iria aparecer em vários de seus manuscritos, escritos ao longo de sua vida.

        Entre 1663 e 1664, Newton mergulhou na matemática. Leu partes da obra de Euclides e mergulhou na Geometria de Descartes até dominar sozinho seu conteúdo. Leu ainda mais algumas obras que tratavam da análise moderna da matemática, e em cerca de um ano ele não só dominava a matemática do século XVII, como também estava apto a iniciar a trajetória onde traria contribuições.

        Apesar de seus estudos voluntários, que não eram valorizados no Trinity, Newton não havia se destacado no currículo oficial até 1663. Haveria agora em 1664, a última oportunidade para obter uma bolsa em sua carreira estudantil. Ela garantiria, além dos recursos financeiros, a possibilidade de permanecer mais anos em Cambridge. Suas chances eram mínimas e sua condição de subsizar não o ajudava em nada. Seu tutor, Benjamin Pulleyn, percebeu que o único homem em Cambridge que poderia avaliar seus estudos nada ortodoxos era Isaac Barrow, ocupante da cátedra lucasiana, e quem, erroneamente, alguns autores costumam dizer ter sido o tutor de Newton no Trinity. Em 28 de abril de 1664, Newton obtém a bolsa de estudos. Não se sabe ao certo se teria conseguido sair-se bem na avaliação ou se poderia ter havido influência de alguém, como por exemplo, Humphrey Babington, o irmão da Sra Clark, que era professor no Trinity, ou ainda o próprio Barrow, que passou a admirar Newton e futuramente viria indicá-lo para substituí-lo na cátedra lucasiana.

        Newton agora era bolsista do Trinity College. Além da ajuda financeira, tinha pelo menos mais quatro anos garantidos de permanência em Cambridge e poderia mergulhar em seus estudos. Nessa ocasião, são vários os relatos de seu colega de quarto, Wickins, sobre as noites que passava estudando e as refeições que simplesmente esquecia de fazer, pois estava inebriado pelos estudos.

        Na primavera de 1665, formou-se bacharel em humanidades. Estava com 22 anos e estudou seriamente muito mais do que o currículo oficial da universidade. Já havia demonstrado no conteúdo das “quaestiones” a mente inquieta e investigativa, bem como propensão à experimentação e o interesse por diversos campos do saber.